Biserica este o ctitorie a domnitorului Moldovei Grigore Callimachi și a mitropolitului Daniil al Proilaviei (Brăilei). Ridicarea acesteia s-a făcut în secolul al XVII-lea, iar reconstrucția – între 1763-1767.
Unicitatea lăcașului de cult se explică prin amplasarea parțială a acestuia sub nivelul solului, fiind vorba despre o biserică semiadâncită. Motivul era unul simplu: administrația turcească a zonei nu interzicea construirea de biserici, dar nu admitea ca înălțimea acestora să depășească baza acoperișului moscheelor. Biserica a fost pictată pe interior de către zugravii Radul, Stanciu și Voicu, așa cum rezultă dintr-o inscripție.
Stiați că …
-Este cea mai bine păstrată biserică medievală (în format original) din sudul Basarabiei.
-Pentru prima data în pictura bisericească apare imaginea viţei-de-vie plină cu strugurii de trei culori diferite: albi, rose și negri, ca simbol al jertfei Mântuitorului.
-Despre biserica de la Căușeni a scris și Alexei Mateevici, căruia îi aparțin versurile „Pietre vechi”:
Căușeni-se loc bătrân,
Târg tătar, lăcaș creștin,
Cine știe ce osteni
Au mai fost la Căușeni.
Marmori frânte se găsesc
Și cu scris
latin, grecesc.
Mai desfunzi pe-aicea muchii
Scrise și cu alte
buchii.
Cât privești, tot
pietre vechi
Stau de strajă, la priveghi.